Nach dem 2. Weltkrieg führte die Initiative von Karl Friedrich Bonhoeffer und Robert Rompe zum Wiedererscheinen der Zeitschrift für physikalische Chemie im Jahre 1950. Aufgrund der politischen und wirtschaftlichen Verhältnisse im geteilten Deutschland kam es 1954 zur Aufspaltung. Fortan existierten zwei Zeitschriften für physikalische Chemie.
Erstmals hatte sich die Zeitschrift 1950 an eine wissenschaftliche Gesellschaft, die Deutsche Bunsen-Gesellschaft, angelehnt. Auch nach 1954 erschien die Leipziger Ausgabe im Auftrag der Chemischen und Physikalischen Gesellschaft in der DDR und hatte, betrachtet man die jährlichen Seitenzahlen und sieht man von einem kurzen Einbruch nach der Aufspaltung ab, einen kontinuierlichen Erscheinungsverlauf.
Die Frankfurter Ausgabe war aufgrund mehrmaligen Eigentümerwechsels der Akademischen Verlagsgesellschaft Frankfurt und dem Verkauf an den Verlag R. Oldenbourg München wirtschaftlichen Höhen und Tiefen ausgesetzt, was auch an ihren jährlichen Seitenzahlen ablesbar ist. 1979 bekam die Zeitschrift in Anlehnung an die internationale Begriffsbildung den englischen Untertitel "International Journal of Research in Physical Chemistry and Chemical Physics".
Trotz einiger Unterschiede bezüglich Umfang, Herkunft der Autoren und
Sprache der Beiträge gehörten beide Zeitschriften zu den
Standardzeitschriften der Physikalischen Chemie, obwohl andere,
englischsprachige Zeitschriften natürlich wesentlich wichtiger wurden.
Dies wurde von Eugene Garfield in seiner Analyse 1986 bestätigt.
Trotzdem kann Garfields 1976 in seinen "Journal Citation Studies" über
deutsche Fachzeitschriften gestellte Frage "Is there any justification for two
German journals in physical chemistry ?" aufgrund der heute überschaubaren
Entwicklung nur mit "Nein" beantwortet werden.
Garfield hatte allerdings hierbei die Berichte der Bunsengesellschaft nicht
berücksichtigt, die noch heute nach einem Titelwechsel erscheinen. Diese
ist als "Zeitschrift für Elektrotechnik und Elektrochemie" 1894 unter
Mitwirkung von Ostwald gegründet worden und wäre es wert, für
eine wissenschaftssoziologische und institutionelle Betrachtung der Entwicklung
der physikalischen Chemie in Deutschland untersucht zu werden.
Seit dem Jahrgang 1991 erscheint nur noch eine Zeitschrift mit dem Titel "Zeitschrift für physikalische Chemie" in Deutschland. Damit folgte der politische Einheit Deutschlands die Einheit der Publikation der Zeitschrift für physikalische Chemie (271(1990)1273). Im letzten Heft der Leipziger Ausgabe holte die Redaktion mit einem Artikel über Robert Havemann, einem Mitherausgeber der Zeitschrift in den Jahren 1963-1965, eine vorher nicht möglich gewesene Ehrung nach, die ansonsten fast allen Mitherausgebern der Zeitschrift zuteil wurde.